W ramach współpracy z Republiką Federalną Niemiec corocznie prowadzony jest monitoring wód granicznych na wodach płynących (Nysa Łużycka, Odra) oraz przejściowych (Zalew Szczeciński) i przybrzeżnych (Zatoka Pomorska). W celu jego realizacji utworzona została grupa robocza W2 „Ochrona wód” Polsko-Niemieckiej Komisji Wód Granicznych. Badania prowadzone są przez stronę polską na obszarze województw: dolnośląskiego, lubuskiego, zachodniopomorskiego oraz przez stronę niemiecką (landy: Saksonia, Brandenburgia, Meklemburgia-Pomorze Przednie). Na wodach płynących badania wykonywane są w 14 punktach po stronie polskiej oraz w 14 punktach po stronie niemieckiej.
Po stronie polskiej, na terenie woj. lubuskiego, prowadzone są badania Odry w trzech punktach pomiarowo-kontrolnych w: Połęcku (km 530,6), Kłopocie (km 552,0) i Kostrzynie nad Odrą (km 615,0) oraz Nysy Łużyckiej również w trzech punktach: powyżej Żarek Wielkich (km 75,0), powyżej Gubina (km 22,0) i poniżej Gubina (km 12,0).
W ramach monitoringu realizuje się, w odstępach miesięcznych, badania elementów fizykochemicznych, niektórych metali (cztery raz w roku) oraz chlorofilu „a” w rzece Odrze (osiem razy w roku).
